Das Passagierflugzeug der Helios Airways befand sich auf dem Weg von Larnaka über Athen nach Prag, als die Piloten kurz nach dem Start Probleme mit der Klimaanlage meldeten. Kurz vor Athen brach dann der Funkverkehr ab und daraufhin wurden zwei F16 Kampfflugzeuge gesendet, um die Boeing 737 zu eskortieren. Als die Kampfpiloten die Maschine erreichten, konnten sie sehen wie der Kopilot mit einer Sauerstoffmaske zusammengesackt in seinem Sitz saß, während der Pilot nicht zu sehen war. Zwei unbekannte Personen versuchten die Kontrolle über das Flugzeug zu bekommen, während es im Autopiloten-Modus nahe Athen kreiste. Minuten danach ging der Treibstoff aus und die Maschine zerschellte 10 km entfernt vom Athener Flughafen an einem Berg nahe der Stadt Grammatikó. 121 Menschen konnten nur noch tot geborgen werden.