Hoovers wichtigstes Ziel zu Beginn seiner Amtszeit war die Professionalisierung des FBI. Diese Professionalisierung hatte zwei Stoßrichtungen: Zum einen sollte das Personal einen Berufsethos der Unbestechlichkeit und Akribie verfolgen, zum anderen sollten die angewandten kriminaltechnischen Methoden auf wissenschaftlicher Basis beruhen. Im Zuge des letzteren Ansinnes führte er 1925 eine zentral verwaltete Kartei für Fingerabdrücke, ein kriminaltechnisches Labor und eine Aus- und Fortbildungsakademie ein.